马其顿杯共分5轮进行,三十二强采取一场决胜负的淘汰制,倘若90分钟打平进行加时赛,加时赛打平则以互射点球分胜负十六强,八强和半决赛采取两回合主客场淘汰制,如果两回合总计入球数相同则计算客场入球,若仍未能分出胜负则须加时再决胜负,倘若加时赛打平则以互射点球分胜负决赛于中立场进行,90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。