爱沙尼亚杯共分七轮,爱沙尼亚超级联赛球队自三十二强赛加入,赛事采取单场淘汰制,90分钟战平则需进行加时赛,加时赛战平则进行点球决战。该项赛事冠军球队将获得新赛季欧洲冠军联赛资格赛参赛资格。