马拉加处于西班牙南部海岸的安达卢西亚地区相邻的城市还有塞维利亚和卡迪兹。

1948年成立的马拉古埃诺竞技队(Atletico Malagueno)是现在球队的前身。起初球队只是作为当时马拉加竞技队(Club Deportivo Malaga)的一个附属1992年夏天马拉加竞技队解体之后马拉古埃诺竞技队注册自己的所有权并且取代马拉加竞技成为马拉加球队的代表。

199281993赛季球队从丁级联赛开始拼搏当年就成功晋级打入丙级联赛但是1993/1994赛季球队又因为财政问题再次回到丁级联赛。知道1994/1995赛季Federico Beltran 和 Fernando Puche接收球队之后才渐渐改变了球队的困境经过短短四年的努力1999/2000赛季马拉加终于打入西班牙顶级联赛并且一鸣惊人2000/2001赛季他们差点就打入联盟杯。

2001/2002赛季球队仍然表现的相当不错球队有了进军欧洲赛场的一线希望他们不负众望拿下第二个赛季初开始的国际托托杯冠军如愿以偿打入联盟杯并且一路过关斩将进入八强虽然最终被葡萄牙的博阿维斯塔淘汰但是他们的表现还是得到了一致的肯定。

由于球队的财政问题一直没能彻底解决他们也就不得不依靠变卖球星来维持球队的运作尽管如此他们依然培养出了相当多优秀的选手。并且时常成为西班牙豪门的恶梦。